「意味」．．．するのはもったいない。．．．しないのはもったいない。
※wasteは「浪費」や「無駄使い」の意味です．
It's a waste to ...の方は，「．．．するのは浪費（あるいは，無駄使い）だから，そんなことをするのはもったいない。」の意味で，It's a waste not to ...の方は「．．．しないのはもったいない。」の意味です．
wasteの前のaは付けない場合もありますが，付ける場合の方が多いと思います．
「英語例文１」
It's a waste to throw it away. 「それを捨てるのはもったいない．」
「英語例文２」
It's a waste not to use it. 「それを使わないのはもったいない．」
